La scuola comincerà tra qualche giorno, infatti, sono passati un paio di mesi dalla sparatoria. Trey è rimasto in coma per tutto questo tempo e il Procuratore sta impazientemente aspettando il suo risveglio per conoscere la sua versione dei fatti.
Messo sotto pressione dalla comunità il Procuratore continua a mettere alle strette Ryan, Marissa, Seth e Summer e anche tutti gli altri per scoprire qualche altra informazione utile per le indagini.
Nel frattempo, Julie sta per perdere la pazienza perchè il commercialista di Caleb non intende cedere i beni lasciati nel suo testamento.
Infine, Kirsten è ancora in terapia nel centro di riabilitazione.

Scritto da: Josh Schwartz
Diretto da: Ian Toynton

Marissa, in veste di presidentessa del comitato organizzativo studentesco, cerca di organizzare il "Carnival" ma incontra alcuni problemi dovuti a Taylor, una sua compagna del liceo.
Sandy è sorpreso quando apprende che Kirsten è stata dimessa dal centro di riabilitazione ma invece che tornare a casa preferisce trascorrere qualche giorno con Charlotte, una donna che ha conosciuto al centro.
Julie e Sandy incontrano la preside Kim e il Sig. Hess, che si occupa della disciplina degli studenti dell'Harbor High, per discutere del futuro scolastico di Marissa e Ryan. In seguito anche quest'ultimi avranno un colloquio con il Sig. Hess.
Infine, Jimmy incontra un uomo con cui discute della sua situazione finanziaria.

Scritto da: J.J. Philbin
Diretto da: Tony Wharmby

Jimmy ancora una volta deve prendere la difficile decisione se rimanere a Newport oppure lasciare la sua famiglia.
Le cose tra Ryan e Marissa finalmente sembrano andare per il verso giusto, ma i due sono costretti a stare separati dai loro genitori.
Nel frattempo, il preside Hess costringe Seth e Summer a dimostrare più spirito e coinvolgimento scolastico, quindi lavorano all'allestimento di una rappresentazione teatrale all'Harbor High. Inoltre i due si impegnano per organizzare a Marissa e Ryan una serata speciale da trascorrere insieme.
Infine, il testamento di Caleb viene letto e ciò che si scoprirà lascerà senza parole Julie, ma soprattutto Jimmy.

Scritto da: Stephanie Savage 
Diretto da : Michael Lange

Marissa lascia la Harbor High School per trasferirsi alla scuola pubblica, Newport Union, nella speranza di un nuovo inizio e di lasciarsi alle spalle tutti gli scandali sorti come conseguenza al fatto che lei abbia sparato a Trey. Alla nuova scuola Marissa si fa dei nuovi amici, Johnny, uno skater, la sua ragazza Casey, e Chili, che si prende subito una cotta per lei.
Nel frattempo, Ryan si chiede come la loro separazione potrà influire sul loro rapporto.
Le ostilità tra Seth ed il preside Hess mette Summer in cattive acque, ma alcune nuove informazioni su Taylor potrebbero avvantaggiarli.
Intanto, Charlotte, l'amica di Kirsten, arriva a Newport con grandi idee. Invece Sandy si occupa degli affari della Newport Group.
Infine, Julie deve far fronte a dei problemi finanziari e al fatto che potrebbe non più far parte dell'alta società di Newport.

Scritto da: John Stephens
Diretto da: Ian Toynton

Julie, in cerca di un nuovo posto in cui vivere, alloggia momentaneamente in un motel, invece Marissa a casa di Summer.
Sandy e Kirsten accompagnano Ryan all'Harbor High mentre lui si interessa e incontra gli studenti presenti nei vari stand che sponsorizzano le loro Università.
Ma il Preside Hess vuole che Ryan se ne vada dato che non gli è permesso mettere piede nell'istituto.
Ryan ottiene un lavoro su una barca che gli darebbe l'opportunità di lasciare la città per un paio di settimane.
Nel frattempo, Marissa frequenta ancora il Newport Union, invece Summer e Seth "andranno in missione" per scoprire il segreto del preside Hess.
Infine, Charlotte farà a Julie una proposta che non potrà rifiutare.

Scritto da: Mike Kelley
Diretto da: Tony Wharmby

Seth aiuta Taylor ad organizzare un evento per l'Harbor High School ma le cose non andranno come le avevano immaginate.
Le nuove amicizie di Marissa alla scuola pubblica preoccupano Summer così chiede aiuto a Ryan.
Nel frattempo, Sandy lavora ad un piano per la Newport Group e crea una nuova partnership.
Infine, Charlotte convince Julie e Kirsten a partecipare in modo attivo alla vita mondana di Newport.

Scritto da: J.J. Philbin
Diretto da: Michael Fresco

Quando la gang va al Bait Shop per assistere alla performance della band The Subways, la presenza di Taylor causa una lite tra Seth e Summer. Infatti, la ragazza fraintende il discorso di Seth credendo che sia nato qualcosa di importante.
Volchok sfida apertamente Ryan, che evita lo scontro. Quando però il surfista porta via Marissa, Ryan reagisce, raggiunge Volchok e lo spaventa a tal punto da cacciarlo via.
Julie accetta a malincuore il piano di Charlotte di rubare le donazioni ottenute alla festa di beneficenza in favore delle donne alcoliste. Ma poco prima che Charlotte fugga via con tutto il bottino, reagisce in nome dell'amicizia con Kirsten e intima alla donna di lasciare Newport.
E' il primo giorno per Sandy come presidente del Newport Group, e Matt gli comunica che si devono licenziare alcuni impiegati per risanare l'azienda. Sandy prende tempo, ma Matt a sua insaputa convoca gli impiegati di domenica per licenziarli. Sandy lo scopre, redarguisce Matt e, a malincuore, comunica la notizia agli interessati.

Scritto da: John Stevens
Diretto da: Michael Fresco

Seth, Summer, Marissa e Ryan devono scegliere l'università a cui presentare la domanda di ammissione. Marissa, visti i suoi precedenti, teme di non essere ammessa, e si tira indietro. Ma alla fine, grazie anche alle parole di Johnny, trova il coraggio di mettere una pietra sul passato, e fa' domanda a Berkeley insieme a Ryan. Seth e Summer, dopo qualche malinteso, decidono di optare per due università vicine. Nonostante Julie tenti di nascondere che è senza un soldo, e che abita in una squallida roulotte, Kirsten lo scopre. E così, per aiutarla, le propone di lavorare insieme a lei.
Infine, Sandy invita un vecchio amico della UC Berkeley a cena per presentargli Seth e Ryan.

Scritto da: Cory Martin
Diretto da: Tate Donovan

Marissa si prodiga per aiutare Johnny dopo l'incidente che gli ha compromesso il ginocchio. Tramite conoscenze, riesce ad anticipare l'appuntamento con un famoso ortopedico che può operarlo. Sotto psicofarmaci, il ragazzo le confessa che è innamorato di lei. In un successivo incontro, Marissa lo prega di non vedersi per un po'. 
Summer e Seth, entrambi determinati a farsi accettare alla Brown University, fanno tutto ciò in loro potere per essere tra gli studenti migliori della Harbor School. Summer ottiene un punteggio più alto di Seth al test preparatorio per l'università. Lui, ritenendo lo studio l'unica cosa in cui si sentiva migliore di Summer, osteggia in tutti i modi il suo tentativo di accedere alla Brown. Alla fine i due spediscono la domanda insieme, riconciliandosi. 
Ryan ottiene un internato alla Newport Group e lavora al fianco di Sandy e Matt, e accetta di affiancare quest'ultimo per la presentazione di un nuovo piano edilizio. Matt, sotto pressione, invece di lavorare lo trascina in uno strip club. Il giorno dopo, non avendo preparato il meeting, Matt mette in fuga i finanziatori. Sandy lo licenzia, ma quando viene a sapere che è stressato e atterrito, lo riassume.
Kirsten e Julie ottengono il primo incarico della loro nuova attività. Ma quando si presentano a casa di Jeff per consegnare il catering, scoprono che l'uomo le ha assoldate per cenare con Julie. La serata finisce in un nulla di fatto, e le due si mettono a studiare nuovi progetti. 
Infine, Ryan e Marissa parlano del futuro della loro relazione.

Scritto da: Stephanie Savage
Diretto da: Tony Wharmby

I Cohen si preparano a festeggiare il Chrismukkah. I ragazzi trascorrono ore alla ricerca dell'albero di Natale perfetto.
Questo periodo di festa intristisce Summer, la quale sente la mancanza della madre.
Johnny deve rinunciare all’intervento al ginocchio perché non può permetterselo. Così, Seth propone di organizzare il Bar Mitzvah di Ryan, anche se lui non è ebreo, ed essendo sotto Natale, lo battezza Chrismukkah Bar Mitz- Vahkkah. Lo scopo è di cedere tutti i soldi che Ryan otterrà dal Bar Mitzvah a Johnny per l'operazione. Vinte le resistenze di Sandy , Kirsten passa ad organizzare la serata, unendola ad un già previsto party di beneficenza in favore dell'ospedale. 
Johnny, offeso nell'orgoglio rifiuta e rimedia una pistola per rapinare un drugstore. Marissa lo scopre e, proprio durante la serata, Ryan riesce a fermarlo e a convincerlo ad accettare la somma. 
Julie è sempre più disperata e non riesce a confessare a Marissa che vive in una roulotte. La sera della festa si presenta a casa di Summer per dirle tutto, ma non la trova. Neil Roberts, chirurgo e padre di Summer, la invita a bere un drink e le confessa che il suo secondo matrimonio sta naufragando.
Infine, Kirsten mette il passato da parte e porge una mano a Julie Cooper.

Scritto da: Josh Schwartz
Diretto da: Ian Toynton

Ryan, Summer e Seth decidono di intervenire al Consiglio di Amministrazione della Harbor High School per far riammettere Marissa. È un obiettivo piuttosto ambizioso, ma con l'aiuto di Sandy e alla fine anche di Taylor, riescono nel loro intento. Julie trova finalmente il coraggio di confessare a Marissa che vive in una roulotte, e il dottor Roberts comunica a Summer che sta per divorziare da Gloria. 
Johnny deve decidere cosa sia più importante tra la felicità di Marissa o i sentimenti che prova per lei.

Scritto da: Tony Wharmby
Diretto da: Mike Kelley

Mentre a casa Cohen fervono i preparativi per la festa di inaugurazione di NewMatch, Kaitlin Cooper, la sorella di Marissa , si presenta inaspettatamente alla porta. Spetterà a Julie il compito di spiegare alla figlia la loro nuova situazione economica. Ma ben presto Ryan scopre che Kaitlin, che evidentemente non è più la bambina che tutti ricordavano, si è cacciata nei guai con alcuni studenti più grandi e toccherà a lui risolvere la situazione.
Nel frattempo, Kaitlin fa la conoscenza di Johnny e si assicura che lui sappia che lei è disponibile, soprattutto dato che sua sorella Marissa non lo è.

Scritto da: Leila Gerstein
Diretto da: Ian Toynton

Kaitlin compie 15 anni. La madre se lo dimentica e prende appuntamento con Neil Roberts. Quando lo viene a sapere, Neil le presta casa sua per organizzare una grande festa. Kaitlin invita Johnny , scatenando la gelosia di Marissa , e riesce a strappargli un bacio. Seth è disorientato e impaurito: lasciare Newport per andare all'università significa perdere gli amici e ritrovarsi solo e sfigato come due anni prima. 
Una sera incontra Kaitlin che fuma uno spinello e si fa vendere un po' di marijuana. Al momento del colloquio per la Brown è fumato perso, e nonostante le pressioni di Ryan, che ha scoperto il suo mistero, non si presenta. Ryan informa Marissa della marijuana. La ragazza affronta Kaitlin, che lascia la sua festa di compleanno con Johnny. 
Sandy e Matt devono convincere un certo Bill Merriam ad accettare il loro preventivo per la costruzione di un ospedale. Dopo vani tentativi leciti preferiti da Sandy, lo blandiscono con spogliarelliste e superalcolici, e ottengono la commessa.

Scritto da: John Stephens
Diretto da: Norman Buckley

Kirsten suggerisce a Julie di inserire Neil Roberts nell'agenzia di cuori solitari per avere una scusa per parlargli. Neil invece si fa combinare un appuntamento con una facoltosa di Newport. Julie li spia, ma viene scoperta. Disperata torna a casa, dove Neil la raggiunge e le dichiara il suo amore. 
Summer scopre che Seth non si è presentato al colloquio per l'università. Seth le confessa che non ci è andato per un attacco di panico. Una volta solo, fuma un altro spinello. Summer arriva e, notandolo strano, perquisisce la sua stanza finché non trova l'erba. 
Matt combina un appuntamento con Mata Griffin, figlia del presidente dell'ordine dei medici, con la speranza di arrivare al padre per ottenere il consenso per la costruzione dell'ospedale. Sandy non è d'accordo con i suoi metodi e glielo dice apertamente.
Kaitlin tenta di mettere Ryan contro Marissa insinuandogli il sospetto che la ragazza sia innamorata di Johnny .
Ryan le chiede di scegliere, e Marissa sceglie lui. Johnny, disperato, si ubriaca in spiaggia con Kaitlin, sale su un'alta scogliera e, quando Ryan sopraggiunge per aiutarlo, scivola e precipita di sotto.

Scritto da: J.J. Philbin
Diretto da: Michael Lange

Johnny non sopravvive all'incidente e la sua morte scatena violente e diverse reazioni in tutti i suoi amici, in primis Marissa. Ognuno affronterà il lutto secondo la propria sensibilità, il che porterà a galla le incompatibilità caratteriali di Ryan e Marissa, che si troveranno ad affrontare l'ennesima crisi, forse la più dura. Anche Kaitlin farà i conti col suo senso di colpa e, con l'aiuto di Justin, riuscirà a fare chiarezza nei suoi sentimenti. Intanto, San Valentino incombe e questo non facilita lo scioglimento della tensione, anzi ne aggiunge di nuova, nel rapporto fra Seth e Summer, la quale non riesce a perdonare l'ennesima menzogna di Seth.

Scritto da: Stephanie Savage
Diretto da: Ian Toynton

Sadie va a cercare lo zio Jack, per convincerlo a dare a Gwen gli alimenti arretrati. Ryan si offre di accompagnarla, e dopo qualche momento di tensione, riesce a parlare con l'uomo e a farsi dare i soldi. Torna dal viaggio euforico, ma anche preoccupato: deve affrontare Marissa, e dirle che fra loro le cose non funzionano più. Nel frattempo, Summer è preoccupata per suo padre: teme che si senta solo, e vuole trovargli una nuova compagna. Ma il dottor Roberts ha già provveduto con Julie.
Taylor sorprende la coppia clandestina in un ristorante, e lo racconta a Summer, che resta senza parole.

Scritto da: Mike Kelley
Diretto da: Michael Fresco

Si avvicina il diciottesimo compleanno di Ryan, che però non vuole festeggiare. Seth insiste, e gli crea il problema se invitare Marissa o no. Intanto però invita Sadie, che rifiuta perché deve andare a Los Angeles a chiarire col suo ragazzo. Fra mille ripensamenti, Ryan alla fine lascia l'invito a casa di Marissa, che però non va alla festa e si consola insieme a Volchok. In compenso, Sadie annulla il viaggio a Los Angeles e raggiunge Ryan. 
Sandy, spronato da Kirsten, rintraccia Dawn, la madre di Ryan ad Albuquerque, dove è in galera. Riesce a tirarla fuori per portarla alla festa di Ryan, ma Dawn con una scusa sparisce, lasciando una lettera per il figlio. Summer trova due biglietti per una crociera a Cabo. Affronta Julie, e le dice che sa di lei e suo padre e della crociera. Julie, dopo aver detto la verità a Marissa, parla della crociera a Neil, che nonostante avesse comprato i biglietti mesi prima per andarci con la ex-moglie, decide di tacere la cosa e di andarci con lei.

Scritto da: John Stephens
Diretto da: Roxann Dawson

Ryan ha ormai deciso di voltare pagina: ha lasciato Marissa e già frequenta Sadie. Ma quando alla porta si presenta Jess, l'ex ragazza di Trey, con una macchinina giocattolo di quest'ultimo, il passato torna con prepotenza e Ryan rischia di farsi completamente risucchiare. Seth supera brillantemente il colloquio per la Brown, in compenso, però, le sue serate con Summer sono sempre più piatte e monotone. Incredibilmente, sarà Taylor a scuotere la coppia dal torpore. Sandy si troverà a dover affrontare una scelta molto difficile: o Matt o il progetto per l'ospedale.

Scritto da: Mark Fish, J.J. Philbin
Diretto da: Robert Duncan McNeill

Sandy scopre in Matt una persona ambigua e pericolosa, ma anche Griffin sembra avere grosse responsabilità. Ryan e Sadie  arrivano a una svolta nel loro rapporto e lo stesso accade anche fra Marissa e Volchok.
Mentre Kirsten rafforza il suo rapporto con Seth, per Julie si prospetta l'ennesima delusione.

Scritto da: Stephanie Savage, Josh Schwartz
Diretto da: Michael Fresco

Arrivano le lettere dalle università: Ryan, Marissa  e Summer sono stati ammessi, mentre Seth è stato scartato. Il ragazzo, sapendo che Summer andrà alla Brown solo se insieme a lui, decide di mentire sulla sua situazione. Ryan, avendo capito come stanno le cose, lo sprona a dire la verità a Summer. Seth allora dice alla ragazza che non vuole più andare alla Brown. Summer, convinta che Seth non voglia più stare con lei, lo lascia. Sadie decide di trasferirsi a Berkeley con Ryan. Ben presto, però, si rende conto che Ryan deve fare il suo percorso all’università e lo lascia, andando via da Newport. Marissa è sempre più scontrosa e per nulla eccitata dall’ammissione a Berkeley. Si vede spesso con Volchok, e spesso fa tardi o rimane a dormire da lui. Dopo aver ascoltato le preoccupazioni di Julie e aiutata da Summer, partecipa alla festa dei diplomandi della Harbor, dove però si sente, ancora una volta, sola. Sandy affronta Griffin, imputandogli il pestaggio di Matt. Quest’ultimo si presenta da Kirsten invitandola a tirare fuori Sandy dalla situazione lavorativa, ma, nonostante le pressioni della moglie, Sandy è deciso ad andare fino in fondo.

Scritto da: Leila Gerstein
Diretto da: Norman Buckley

Ryan vola ad Albuquerque per invitare la madre alla cerimonia di consegna dei diplomi. Conosce Chloe, che lavora nella stessa tavola calda della madre, e passa una notte con lei. Ma al momento di invitare la madre, cambia idea, temendo che possa creare imbarazzi. Chloe gli fa capire che Dawn tiene molto a lui, e lo convince ad invitarla. Summer è disperata per la rottura con Seth, e si rende conto che lui non le ha detto che non l'ama più. Dopo aver ricreato alla Harbor la scena di due anni prima, quando Seth le dichiarò il suo amore pubblicamente, gli chiede se davvero non la ama più, e il ragazzo, per indurla ad andare lo stesso alla Brown, conferma. Mentre fra Kirsten e Sandy i rapporti si freddano, Matt è deciso a ricattare Griffin e gli chiede un'ingente somma. Sandy si rende conto che Matt è disposto a tutto, ma alla fine riesce a risolvere la situazione. Però Matt deve lasciare Newport. Marissa si rende conto che la vita con Volchok è piena di abusi sempre più intollerabili, e decide di tornare dalla madre.

Scritto da: Mike Kelley
Diretto da: Ian Toynton

Seth e Ryan si preparano per andare al college, ma con uno spirito completamente diverso: Ryan per iniziare a conoscere la sua nuova scuola e Seth per cercare disperatamente di farsi ammettere e rimanere accanto a Summer che invece è stata accettata senza problemi. Anche Summer e Marissa sono sul piede di partenza ma anche loro dovranno fronteggiare dubbi e insicurezze.
Dopo aver accompagnato i ragazzi all'aeroporto, Kirsten è sorpresa nel vedere Theresa e il suo bambino dall'aria piuttosto familiare. Invece, Seth durante la sua visita alla Brown si imbatte in Anna. Infine, Kirsten e Sandy partecipano alla serata benefica dell'ospedale, in cui lei sfoggia la sua frustrazione e ricade in una vecchia abitudine.

Scritto da: J.J. Philbin
Diretto da: Tony Wharmby

Si avvicina il ballo di fine anno, l'ultimo per i quattro ragazzi. Anna arriva a Newport per aiutare Seth a riconquistare Summer e prova a parlarle, ma non riuscendo a convincerla, va al ballo con Seth come tattica. Summer si ubriaca, e quando viene rieletta reginetta, da un pessimo spettacolo di sé. Alla fine, però, sempre grazie ad Anna, Seth le confessa perché l'ha lasciata, e i due si riappacificano. Marissa va al ballo con Volchok, che non perde tempo per appartarsi con un'altra. Marissa lo scopre e lo lascia in malo modo. Volchok, prima di andarsene, ruba dalla borsa di Taylor l'incasso della serata. Ryan, che partecipava al ballo con Theresa, capisce tutto e va a casa di Volchok per riprendere i soldi. Ma quest'ultimo riesce a provocarlo e scatta la rissa. Neil Roberts avvisa Sandy che l'ordine dei medici ha intenzione di avviare un'indagine su di lui e Griffin per presunti illeciti nelle trattative per la costruzione dell'ospedale.

Scritto da: John Stephens
Diretto da: Michael Lange

Volchok, dopo la rissa con Ryan, lo ricatta e si fa aiutare a rubare una macchina di lusso. La polizia interviene, Ryan scappa e chiede a Marissa di fornirgli un alibi. Summer non riesce a riprendere la lettera con la lista dei peccati commessi da Seth, e Sandy la legge. Seth intanto scopre che Kirsten è ricaduta nell'alcolismo. Padre e figlio si confrontano duramente. Sandy, che era stato proclamato "uomo dell'anno", rifiuta il riconoscimento e si decide ad aiutare la magistratura per chiarire i presunti illeciti commessi da Griffin. Marissa corre al collegio di Kaitlin e la aiuta a difendersi da un compagno che l'aveva accusata di furto.

Scritto da: Stephanie Savage
Diretto da: Tony Wharmby

E' arrivato il giorno della consegna dei diplomi. Seth, dopo qualche titubanza, confessa a Sandy di essere responsabile dell'incendio al Newport Group e Sandy decide di rimandare le valutazioni ad un momento successivo al diploma. Seth alla fine entra al Rhode Island School of Design per il secondo semestre. Invece, Summer andrà alla Brown University in autunno.
Marissa riceve dal padre l'invito a seguirla in un lungo viaggio in barca che lo vede impegnato come skipper e, consapevole che un anno di assenza da Newport può solo farle bene, decide di accettare. Dopo la cerimonia, i quattro si intrufolano nell'abitazione che Ryan e Luke incendiarono involontariamente al suo arrivo a Newport e si godono l'ultima serata tutti insieme, salutando così Marissa prima della sua partenza. Dopo alcune risate e lacrime, Ryan e Marissa si dirigono verso l'aeroporto.
Volchok e il suo amico, seduti nella loro auto, li guardano andare via. Il primo accecato dalla rabbia e dall'alcool, preme l'acceleratore con l'intenzione di investirli e farli uscire fuori strada. Ryan riesce ad uscirne illeso, al contrario di Marissa.

Scritto da: Josh Schwartz
Diretto da: Ian Toynton